Брату вынесли взыскание, по факту за то, что он отказался выполнять приказ, который противоречил уставу. Командование давит, угрожает уголовным делом. Он не знает, как себя защитить и есть ли вообще смысл спорить с командиром официально.

Это уже серьёзный аргумент в защиту, и командование это прекрасно понимает, поэтому и давит. Обращайтесь к юристам сразу по такому вопросу http://katsaylidi.ru/article/zaschita-voennosluzhaschih. Адвокат чётко все объяснит, поможет составить объяснительную и возражение на взыскание.