Из-за смены рода деятельности моей компанией в Москве, мне придётся в скором времени вести контроль маркированных товаров. Можете подсказать, какое ПО лучше всего для этого подойдёт?

Лично я использую сервис Контур.Маркировка. В целом, он довольно удобен, можете и вы на него внимание обратить. Только учтите, что в базовом тарифе ничего, кроме учёта и вывода из оборота, недоступно.

Это довольно дорогой сервис, который, к тому же, обладает весьма спорным функционалом. По моему мнению, разумнее будет просто использовать систему СБИС. Почитайте о том, насколько она может быть полезна, в этой статье https://www.cleverence.ru/articles/auto-busines/sbis-chto-et
o-za-programma-dlya-chego-nuzhna-sistema-sbis . В частности, вам наверняка будут интересны её возможности в плане автоматизации.